Důvodem ochrany jsou lesní ekosystémy na svazích dominantního trachytového kuželu, společenstva skal a sutí a další hodnoty a jevy vyplývající z výjimečného postavení  Milešovky mezi ostatními kopci Českého středohoří (nejvyšší hora, značné převýšení proti okolí, zvláštnosti místního klimatu).
Území NPR zaujímá  téměř celý jižní svah kuželu, na severní straně vystupuje hranice CHÚ až k vrstevnici 740 m.n.m.
V r.1976 se stala NPR Milešovka součástí vyhlášené Chráněné krajinné oblasti České středohoří (19.3.1976)