Jaroslav Kubera zemřel náhle 20. ledna 2020 poté, co jej v jeho teplické kanceláři postihl infarkt. Bylo mu 72 let.

Na výraznou postavu Teplic přišel k pietnímu místu na tamním náměstí Svobody zavzpomínat nejen Kuberův nástupce ve funkci primátora Hynek Hanza, ale také řada obyvatel lázeňského města.

Kuberova rodina si jeho nečekaný odchod spojuje s politickými tlaky, které se na předsedu Senátu snesly poté, co oznámil svůj plán navštívit Tchaj-wan, proti čemuž výrazně protestovala Čína nebo například prezident Miloš Zeman.